با افزایش ناامنی در مناطق قبایلی تحت کنترول پاکستان و خیبر پشتونخوا، انتقادات مقامات آن کشور از حکومت سرپرست نیز افزایش یافته است.
مقامات پاکستانی مدعی هستند که حکومت سرپرست افغانستان پشت این ناامنی‌ها دست دارد، اما کابل بارها این ادعاها را رد کرده، تا جایی که کابل برای بی ارزش نشان دادن این ادعا ها واکنشی به ادعای اسلام‌آباد نشان نداده است.
اخیراً علی امین گنداپور، وزیر اعلی خیبر پشتونخوا می‌گوید که پاکستان در گذشته از جغرافیای خود علیه افغانستان استفاده می‌ٰکرد و به گفتهٔ او اکنون ناامنی های که در مناطق قبایلی وجود دارد، مقصر آن افغانستان را نداند.
او می‌افزاید:« در کشور ما تروریزم وجود دارد و مقامات پاکستانی اکنون همه در مورد تروریزم صحبت می‌کنند. من می پرسم آیا شما قبلاً به گفته امریکا عملیات نظامی انجام نداده اید؟ آیا پایگاه های خود به ضد کشور همسایه خود که هم پشتون و هم مسلمان هستند، ندادید؟ امروز هر اتفاقی بیفتد می‌گویید و متهم می‌کنید که از افغانستان برنامه ریزی شده است. شما پایگاه دادید تا به کودکان آنها شلیک کنند، پس چگونه انتظار دارید برای شما گل بفرستند؟»
کارشناسان سیاسی گفته های وی را درست می‌دانند و می‌گویند که پاکستان از چند سال گذشته نمی‌خواهد قدرت مرکزی قوی در افغانستان حاکم باشد.
آنها می‌افزایند که پاکستان همواره در تلاش است تا از ایجاد حکومت قوی در کابل جلوگیری کند و آن را تحت نفوذ خود نگه دارد.
حکمت الله حکمت، کارشناس سیاسی می‌گوید:« آنچه را که آنها (پاکستان) خوب می‌خوانند، آنرا هم برای وخامت افغانستان استفاده کرده اند، اگر در امریکا حملات تروریستی انجام می‌شود، یا در مسکو یا در افغانستان، مسوولیت همهٔ آنها به دوش پاکستان است. به رهبران پشتون باید آفرین داد، که به آنها می‌گویند، همسایه ای که با امریکا دست خود را یکی کرد و میلیون ها انسان را از خانه هایشان بیرون کرد، قریه هایشان را بمباران کرد، کشور شان را ۲۰ سال اشغال کرد، و متحد امریکا باقی ماند، از این همسایه چی انتظار می‌توان داشت؟»
برخی دیگر پاکستان را متهم می‌کنند که علیه حکومت سرپرست افغانستان در سطح بین المللی لابی می‌کند و از این طریق به جهان نشان می‌دهد که ترس از تروریزم از افغانستان وجود دارد.
ادعای پاکستان این است که رهبران گروه تحریک طالبان پاکستان در افغانستان هستند و از همانجا در حال برنامه ریزی حملاتی در مناطق تحت کنترول پاکستان هستند.
اما حکومت سرپرست برعکس می‌گوید، در گروه داعش اتباع پاکستانی جذب شده و پس از آموزش در آنجا، برای فعالیت های خرابکارانه به افغانستان فرستاده شدند.
