سازمان پژوهشی اکپس در گزارشی نوشته که با وجود روابط خوب میان ازبیکستان و امارت اسلامی و اولویت این کشور به سرمایه‌گذاری در کمک‌های اضطراری در افغانستان، برخی اختلاف‌ها میان دو طرف وجود دارد.
بر اساس گزارش، این اختلاف‌ها بر سر چندین موضوع از جمله درخواست افغانستان برای بازگرداندن چرخ‌بال‌های نظامی مستقر در ازبیکستان، ادعاهای مربوط به حضور گروه “جنبش اسلامی ازبیکستان” در افغانستان و ساخت کانال قوش تیپه بر روی رود آمودریا ایجاد شده است.
گزارش همچنین اشاره می‌کند که ازبیکستان، در کنار تعامل با امارت اسلامی، به دنبال تقویت روابط خود با غرب است و به همین دلیل، با محدودیت‌های آموزشی علیه دختران و زنان در افغانستان مخالفت کرده است.
